Prototype se ha subido al carro y se ha puesto las pilas en cuanto a documentación se refiere. Despues de que jQuery renovara su aspecto y mejorara la apariencia de su página principal y documentación, han optado por sacar una documentación oficial con el fin de hacer llegar a más gente este framework.
La verdad es que es un gran framework para Javascript, pero siempre le había faltado una documentación detallada con ejemplos para que la gente se animara a probarla y sacarle jugo. Quizas este sea el paso que necesitaba.
Podemos ver la api oficial, en la cual tendremos la información que necesitamos para jugar con este framework. Tambien han integrado una sección con consejos y tutoriales para los que necesitan los pasos más marcados.